PŘEDMLUVA 3 // GENETIKA BAKTERIÁLNÍCH VIRŮ // MORFOLOGIEA STRUKTURA BAKTERIÁNÍCH VIRŮ 5 // OBECNÁ CHARAKTERISTIKA VIRŮ, ZVLÁŠTĚ BAKTERIÁLNÍCH 5 // Základní informace o virech 5 // Základní rozdělení virů 6 // Fágový virion,bakteriofág,fágový kmen 6 // Rozmezí hostitele 6 // Základní kritéria pro klasifikaci bakteriofágů 7 // TYPY NUKLEOVÉ KYSELINY BAKTERIOFÁGA 7 // Jednořetězcová kruhová DNA 7 // Dvoušroubovicová lineární DNA s kohezními konci 7 // Dvoušroubovicová lineární DNA s permutovanými geny 8 // Dvoušroubovicová lineární DNA s ne permutovanými geny 9 // Jednořetězcová lineární RNA 11 // STRUKTURA A MORFOLOGIE FÁGOVÉHO KAPSIDU 11 // Protomery a kapsomery 11 // Symetrie kapsidů 11 // KLASIFIKACE BAKTERIOFÁGU 12 // Bičíkaté bakteriofágy 12 // Bezbičíkaté bakteriofágy 15 // Vláknité bakteriofágy 15 // SÉROLOGICKÉ VLASTNOSTI BAKTERIOFÁGŮ 19 // Fágové antisérum 19 // Kinetika neutralizační reakce 19 // Titr fágového antiséra 19 // Stanovení sérologické příbuznosti mezi fágy 19 // INFEKCE A LÝZE BAKTERIÁLNÍCH BUNĚK ZPŮSOBENÁ FÁGOVÝMI VIRIONY 21 // ZÁKLADNÍ ZNAKY LYTICKÉ INFEKCE 21 // Lytická infekce 21 // Fágovy lyzát // Plaky 21 // Stanovení titru fágového lyzátu 22 // Poissonovo rozdělení // Zdůvodnění, že lyzi kultury může vyvolat jeden virion // ADSORPCE FÁGOVÝCH VIRIONŮ NA POVRCH BAKTERIÁLNÍCH BUNĚK // Fágové receptory // Receptory fágů skupiny A a B // Receptory fágů skupiny C // Receptory fágů skupiny E a F // Vstup fágové DNA do hostitelské bunky // Vliv vnějších faktorů na adsorpcí fága // Konstanta rychlosti adsorpce // Vkladový poměr a multiplicita infekce // JEDNOSTUPŇOVÁ RŮSTOVÁ KŘIVKA // Růstový cyklus fága // Popis jednostupňové růstové křivky // Fágový výnos (burst size) //
Vliv fyziologických podmínek na parametry jednostupňové růstové křivky // Ekliptické období // Maturace 32 // STANOVENÍ FÁGOVÉHO VÝNOSU V JEDNOTLIVÝCH BUŇKÁCH 33 // Charakteristika metody stanovení33 // Výpočet fágového výnosu z jednotlivých buněk 33 // FENOTYPOVÉ MÍŠENÍ 36 // Vysvětlení fenotypového míšení36 // Příklad fenotypového míšení 36 // MODIFIKACE A RESTRIKCE INDUKOVANÁ HOSTITELEM 37 // Příklad modifikace a restrikce 37 // Reštrikční endonukleázy 38 // Metylace DNA, transmetylázy 39 // Experimentální důkaz sekvencí nukleotidů citlivých na restrikční endonukleázy a transmetylázy 39 // Modifikace glukozylací 41 // Význam restrikce a modifikace 42 // SYNTÉZA BAKTERIÁLNíCH VIRŮ V HOSTITELSKÉ BUŇCE 43 // BIOSYNTÉZA DNA-FÁGU 43 // Biosyntéza fága T2 a T4 43 // Biosyntéza fága T7 45 // Biosyntéza fágů obsahujících jednořetězcovou kruhovou DNA 47 // Biosyntéza RNA fágů 47 // MUTACE A REKOMBINACE BAKTERIOFÁGA 51 // FENOTYPOVÉ VYJÁDŘENÍ MUTACÍ BAKTERIOFÁGA 51 // Mutace projevující se ve tvaru a vzhledu plak 51 // Mutace v rozmezí hostitele 51 // Mutace projevující se změnou citlivosti fága k inkubační // teplotě 51 // Mutace projevující se v citlivosti k supresorům 52 // Výpočet frekvence mutace bakteriofága 52 // TEORIE REKOMBINACE BAKTERIOFÁGA 53 // Příklad rekombinace bakteriofága 53 // Orientační stanovení pořadí genů a vzdálenosti mezi nimi // na chromozómu 54 // Pravděpodobnost rekombinace a skutečná vzdálenost mezi dvěma libovolnými geny na chromozomu bakteriofága 54 // Výpočet frekvence rekombinantů (Rxy) 58 // Výpočet množství křížení (m) připadající průměrně na jednu // intracelulámí populaci fágových virionů 58 // Definice mapové jednotky 60 // HETEROZIGOTY 60 // Příklad detekce fágových heterozygotů 60 //
Molekulární struktura heterozygotů 61 // MOLEKULÁRNÍ PODSTATA REKOMBINACE BAKTERIOFÁGA 63 // Spojené molekuly DNA 63 // Model nereciprokého crossing-overu u fága T4 63 // Model nereciprokého crossing-overu u fága 2 64 // MAPOVÁNÍ CHROMOZÓMU BAKTERIOFÁGA 65 // Výběr mutantů ke křížení 65 // Dvoufaktorové křížení 66 // Třífaktorové křížení 69 // Výpočet vzdálenosti mezi geny (síly genové vazby) na základě údajů třífaktorového křížení 73 // Křížení mutantů citlivých k supresorům 74 // TEST KOMPLEMENTACE 74 // Intergenová komplementace 74 // Intragenová komplementace 75 // INTERFERENCE 2 // Koeficient koincidence 75 // Pozitivní a negativní interference 78 // Lokalizovaná vysoká negativní interference 78 // GENETICKÁ ANALÍZA OBLASTI RII FÁGA T4. 78 // Charakteristika mutantů rII 78 // Křížení mutantů rII 79 // Deleční mutanty oblasti rII 79 // Mapovaní oblasti rII pomocí delečních mutantů 80 // Stanovení počtu genů v oblasti rII testem komplementace 81 // MOLEKULÁRNE GENETICKÉ METODY MAPOVÁNÍ CHROMOZÓMU BAKTERIOFÁGA 81 // Mapování štěpením DNA nukleázam 81 // Denaturační mapování 81 // Hybridizační mapování delecí . 82 // GENETICKÉ MAPY CHROMOZÓMU NĚKTERÝCH BAKTERIOFÁGÚ 82 // Genetická mapa chromozómu fága T4 82 // Genetická mapa chromozómu bakteriofága T7 85 // Genetická mapa chromozomu bakteriofága 0X174 88 // Genetická mapa chromozómu RNA bakteriofágů 88 // LYZOGENIE A GENETIKA TEMPEROVANÉHO FÁGA 97 // REAKCE BAKTERIÁLNÍ BUŇKY NA INFEKCI TEMPEROVANÍM FÁGEM 91 // Lyzogenizace 91 // Vlastnosti lyzogenních kmenů 91 // životní cyklus temperovaného fága 92 // Výskyt lyzogenie 92 // TEMPEROVANÝ FAG 2 92 // Základní charakteristika 92 // Mutanty fága 2 94 // CHROMOZÓM FÁGA 2 94 // Lineární a kruhová forma chromozomu fága 4 94 //
Lineární forma genetické mapy chromozómu fága A 95 // Kruhová forma genetické mapy chromozómu fága 2 96 // GENETICKÁ PODSTATA NAVOZENÍ LITICKÉHO CYKLU FÁGA 2 97 // Raná fáze 97 // Zpomalená raná fáze 98 // Pozdní fáze 98 // GENETICKÁ PODSTATA NAVOZENÍ LYZOGENNÍHO STAVU 99 // Pochody směřující k navození lyzogenního stavu 99 // Pochody působící proti navození lyzogenního stavu 100 // Imunitní represor a podstata jeho účinku na operátor 100 // LYZOGENNÍ STAV101 // Začlenění (integrace) chromozómu fága 2 do chromozomu // bakteriální buňky101 // Podstata imunity lyzogenní buňky 103 // Zrušení lyzogenního stavu . 103 // FAKTORY OVLIVŇUJÍCÍ FREKVENCI LYZOGENNÍ ODPOVĚDI 104 // Frekvence lyzogenizace 104 // DEFEKTIVNÍ LIZOGENÍ A DEFEKTIVNÍ PROFÁGY 104 // Vznik cLefektivních lyzogenů 104 // Křížení defektivního profága s nedefektivním fágem 105 // LIZOGENNÍ KONVERZE 106 // Lyzogenní konve rze 106 // Lyzogenní konverze u salmonel 106 // Lyzogenní konverze u C. diphteriae 106 // GENETIKA BAKTÉRIÍ // ZÁKLADNÍ POJMY A NOMENKLATURA BAKTERIÁLNÍ GENETIKY 108 // CHROMOZÓM BAKTERIÁLNÍ BUŇKY 108 // Struktura 108 // Replikace 108 // REKOMBINACE 110 // Merozygota 110 // Způsoby přenosu DNA 110 // NOMENKLATURA BAKTERIÁLNÍ GENETIKY 110 // Označování genotypu 110 // Označení fenotypu 112 // MUTACE BAKTÉRIÍ 117 // AUXOTROFNÍ MUTANTY 117 // Auxotrofie a prototrofie 117 // Izolace auxotrofních mutantů penicilínovou metodou 117 // Využití auxotrofních mutantů ke studiu biochemických /reakcí 117 // MUTANTY REZISTENTNÍ K ANTIBIOTIKŮM 118 // Izolace mutantů rezistentních k antibiotikům 118 // Rezistence k antibiotikům vzniklá ve více mutačních stupních 121 // Metoda gradientních ploten 121 // Rezistence k antibiotikům vzniklá v jednom mutačním stupni 121 //
Podstata účinku streptomycínu na baktérie Strs a Strr 121 // JINÉ SKUPINY MUTANTŮ123 // Mutanty citlivé k supresorům 123 // Supresor pozitivní mutanty 123 // Mutanty citlivé k inkubační teplotě 124 // Mutanty vzniklé intragenovou nebo nepřímou intragenovou supresi 124 // JADERNÁ SEGREGACE 126 // Vanik sektorových kolonií 126 // Experimentální důkaz jaderné segregace 126 // - 242 FENOTY PICKE ZDRŽENÍ 127 // Pojem fénotypického zdržení 127 // Zdržení v segregaci 127 // FLUKTUAČNÍ TEST 128 // Mutace a fenotypová modifikace 128 // Význam fluktuačního testu 128 // Poissonovo rozdělení, mutací 128 // Důsledky Poissonova rozdělení mutací pro počty mutantů v sérii paralelních kultur 130 // Rozdělení počtu buněk s fenotypickou modifikací/ indukovanou v sérii paralelních kultur z vnějška 130 // Technika provedení fluktuačního testu 131 // NEWCOMBŮV TEST 132 // METODA NEPŘÍMÉ SELEKCE MUTANTŮ 135 // MUTAČNÍ RYCHLOST 136 // Stanovení mutační rychlosti tzv. první metodou 136 // Vyloučení vlivu fenotypického zdržení při první metodě 138 // TRANSFORMACE 139 // ZÁKLADNÍ CHARAKTERISTIKA TRANSFORMACE 139 // Transformace a typy transformantů 139 // Za jakých podmínek se může transformace uskutečnit 139 // Příklad transformace 139 // Požadavky na DNA extrahovanou z donora 141 // Závislost počtu transformantů na koncentraci transformující DNA 141 // Výskyt transformace 142 // MECHANISMUS REKOMBINACE TRANSFORMUJÍCÍ DNA S CHROMOZÓMEM RECIPIENTNÍ BUŇKY 143 // Experimentální důkaz hybridní DNa v transformující se // recipientní bunce 143 // Dodatečný důkaz hybridní DNA 144 // Model rekombinace transformující DNA s chromozomem recipienta 147 // KRITÉRIA GENOVÉ VAZBY NA MOLEKULE DNA 147 // Co rozumíme vazebným přenosem genů při transformaci 147 //
Stanovení genové vazby 147 // TRANSDUKC E 150 // ZÁKLADNÍ CHARAKTERISTIKA TRANSDUKCE 150 // Transdukce 150 // Výskyt nespecifické transdukce 150 // - 243 ZÁKLADNÍ PŘEDPOKLADY K PROVEDENÍ NESPECIFICKÉ TRANSDUKCE 150 // Požadavky na fágový kmen použitý k transdukci 150 // Transdukující fágové částice 151 // Typy transduktantů 152 // Příklad transdukce 152 // DŮKAZ EXISTENCE CHROMOZÓMOVÉHO FRAGMENTU V TRANSDUKUJÍCÍ ČÁSTICI 153 // Experimentální provedení 153 // Rozlišení lyticky aktivních virionů od transdukujících částic 153 // Frekvence transdukujících částic ve fágovém lyzátu 156 // Frekvence transdukujících Částic v lyzátu přenášejících určitý gen z donora 156 // KOTRANSDUKCE A JEJÍ VÝZNAM PRO STANOVENÍ VAZBY MEZI GENY 157 // Kritéria pro genovou vazbu při transdukci 157 // Frekvence kotransdukce a skutečná vzdálenost mezi // geny 157 // KŘÍŽENÍ REALIZOVANÉ NESPECIFICKOU TRANSDUKCÍ 158 // Dvoufaktorové křížení 158 // Třífaktorové křížení 158 // Intragenová rekombinace 159 // ABORTIVNÍ TRANSDUKCE 159 // Co rozumíme abortivní transdukci 159 // Složení klonu abortivních transduktantů 160 // Mikrokolonie 160 // Intergenová komplementace (cis-trans test) realizovaná // abortivní transdukci . 160 // ZÁKLADNÍ CHARAKTERISTIKA SPECIFICKÉ TRANSDUKCE 163 // Viriony Adgal a Adbio 163 // Lyzát LFT 163 // Dvojitě lyzogenní heterogenoty 164 // Štěpení heterogenotů 165 // Lyzát HFT 166 // Důkaz existence virionů Adgal 166 // MAPOVÁNÍ CHROMOZÓMU FÁGA A A GALAKTÓZOVÉHO OPERONU POMOCÍ // SPECIFICKÉ TRANSDUKCE 168 // Deleční mapování chromozómu A 168 // Mapování galaktozového operonu 168 // KONJUGACE 169 // ZÁKLADNÍ CHARAKTERISTIKA KONJUGACE A KONJUGATIVNÍCH PLAZMIDU 169 // Druhy transkonjugantů 199 // Konjugativní plazmidy, pilusy 169 //
Typy pilusů, donorově specifické bakteriofágy 169 // Volný (autonomní) stav konjugativních plazmidů 170 // Stav Hfr konjugativního plazmidu 170 // Epizomální konjugativní plazmidy 170 // F PLAZMID 170 // Genetická struktura F plazmidu 170 // Kmeny F+ a F“ 170 // Konjugační shluky 171 // Přenos F plazmidu do buňky F” 172 // Buňky Hfr 172 // Model rekombinace chromozómu Hfr s chromozómem F“ 174 // Výskyt konjugace 176 // KONJUGACE A KŘÍŽENÍ KMENU F+ A F“ 176 // Příklad křížení kmene F+ s kmenem F7 176 // Výklad konjugace a křížení kmenů F+ s kmeny F” 177 // DŮKAZ SPONTÁNNÍHO VZNIKU BUNĚK HFR V POPULACI F+ 179 // Důkaz spontánního vzniku buněk Hfr v populaci F+ 179 // Detekce buněk Hfr v populaci F+ 179 // Základní charakter křížení kmenů Hfr s F“ 181 // NEPŘERUŠOVANÁ KONJUGACE 181 // Princip nepřerušované konjugace 181 // Příklad nepřerušované konjugace 181 // PŘERUŠOVANÁ KONJUGACE 183 // Princip přerušované konjugace 183 // Příklad přerušované konjugace 183 // Grafické znázornění kinetiky přerušované a // nepřerušované konjugace 184 // Charakteristika vstupu chromozómu Hfr do buňky F“ 185 // VLASTNOSTI RŮZNÝCH KMENŮ HFR A DÚKAZY KRUHOVEHO CHROMOZÓMU // E. COLI K12 186 // Vlastnosti kmenů Hfr 186 // Genetický důkaz kruhového chromozomu E. coli K12 186 // Genetická mapa chromozomu E. coli 188 // Důkaz začlenění F plazmidu do chromozómu buňky F+ 189 // Důkazy,že chromozóm je kruhový v bunkách Hfr i F_ 189 // ZYGOTICKÁ INDUKCE A IMUNITNÍ REPRESOR 192 // Základní charakteristika zygotické indukce 192 // Důkaz umístění profága A na chromozomu E. coli 192 // VELIČINY URČUJÍCÍ FREKVENCI REKOMBINANTU PŘI NEPŘERUŠOVANÉ KONJUGACI 192 // Účinnost přenosu a integrace 192 // stanovení účinnosti přenosu a integrace 193 //
Matematická formulace závislosti frekvence rekombinace // daného genu na jeho vzdálenosti od počátku chromozomu 195 // Zlomová konstanta 195 // Stanovení doby integrace 196 // F» PLAZMID 198 // Typy F» plazmidu 198 // Kmeny F’ 198 // DŮKAZ UMÍSTĚNÍ FÁGA A NA CHROMOZÓMU 201 // PLAZMIDI 202 // OBECNÁ CHARAKTERISTIKA PLAZMIDU 202 // Pojem plazmidu 202 // Rozdíl mezi plazmidem a chromozómem 202 // Relaxační komplexy a replikace plazmidu 202 // Konjugativní a nekonjugativní plazmidy 204 // Vstup plazmidu do recipientní buňky 205 // Epizomální plazmidy 206 // Kritéria,podle nichž se usuzuje na přítomnost plazmidu // v bunkách 206 // KOMPATIBILITA A INKOMPATIBILITA PLAZMIDU 207 // Charakteristika kompatibility a inkompatibility 207 // Podstata kompatibility a inkompatibility 207 // REKOMBINACE PLAZMIDŮ 208 // Rekombinace mezi inkompatibilními plazmidy 208 // Rekombinace mezi kompatibilními plazmidy 208 // NOMENKLATURA PLAZMIDŮ 212 // Označování plazmidů 212 // Označování plazmidových genů a fenotypu 213 // Rozdčlení plazmidů 215 // R PLAZMIDY ENTEROBAKTÉRIÍ - 215 // Charakteristika R plazmidů enterobaktérií 215 // Výskyt R plazmidů 215 // Plazmidy R(Fi+) a R(Fi“) 216 // COL PLAZMIDY 218 // Přenos Col plazmidů 218 // Charakter kolicinogenních tran skonjugantů 219 // Ostatní plazmidy enterobaktérií 220 // PLAZMIDY RODU PSEUDOMONAS 221 // R plazmidy 221 // Konjugativní plazmidy rodu Pseudomonas 222 // Degradativní plazmidy rodu Pseudomonas 223 // Plazmidy obsahující geny pro rezistenci k iontům rtuti 223 // PLAZMIDY DRUHU S. AUREUS 223 // Příklady plazmidů S. aureus 223 // Penicilinázový plazmid 223 // VYUŽITÍ PLAZMIDŮ V GENETICKÉM INŽENÝRSTVÍ 226 // LITERATURA 230 // OBSAH 237