.

0 (hodnocen0 x )

(2) Půjčeno:4x 

BK

1. vyd.

Praha : Karolinum, 2004

239 s. : il. ; 30 cm

ISBN 80-246-0795-6 (brož.)

Učební texty Univerzity Karlovy v Praze

Obsahuje ilustrace, tabulky, předmluvu, úvod, rejstřík

Bibliografiue: s. 233-234

Zoologie - metody genetické - učebnice vysokošk.

000033298

1. ANALÝZA FENOTYPU (J. Zima, M. Macholán) ...9 // Úvod ...9 // Signální fenotypy ...10 // Dědičnost zbarvení ...10 // Imunologické znaky ...12 // Epigenetické znaky ...13 // Kvantitativní znaky ...15 // Metody tradiční morfometrie ...17 // Data v tradiční morfometrii ...18 // Základní pojmy maticové algebry ...19 // Analýza hlavních komponent {Principal components analysis, P CA) ...21 // Faktorová analýza {Factor analysis, FA) ...27 // Analýza hlavních koordinát (Principal coordinates analysis, PCOA) ...28 // Analýza diskriminačních funkcí (Discriminant function analysis, DFA) a kanonická analýza (Canonical variates analysis, CVA) ...28 // Kanonické korelace (Canonical correlations) a parciální analýza nejmenších čtverců // (Partial least-squares) ...31 // Mnohorozměrná klasifikace objektů (Nonmetric multidimensional scaling, MDS) ...32 // Korespondenční analýza (Correspondence analysis, CA) ...32 // Shluková analýza (Cluster analysis) ...32 // Kterou metodu použít? ...34 // Geometrická morfometrie ...34 // Analýza obrysů ...34 // Význačné body ...38 // Deformace ohebných pásků (thin-plate spline) ...41 // Fluktuační asymetrie ...44 // Software a důležité internetové adresy ...47 // Tradiční morfometrie ...47 // Geometrická morfometrie ...47 // 2. CYTOGENETIKA (J. Zima) ...51 // Úvod ...51 // Stavba a morfologie chromosomů ...52 // Struktura chromatinu ...52 // Struktura chromosomů ...53 // Chromosomové mutace ...54 // Další informace na internetových stránkách ...56 // Příprava chromosomových preparátů ...56 // Studium somatických chromosomů v mitóze ...57 // Studium chromosomů zárodečných buněk v meióze ...60 // Cytogenetické testy mutagenních vlivů ...62 // Další informace na internetových stránkách ...63 // Barvení chromosomů ...63 //

Diferenciální barvení ...63 // 5 Barvení specifických frakcí chromatinu ...66 // Další informace na internetových stránkách ...69 // Hybridizace in situ ...69 // Další informace na internetových stránkách ...70 // Hodnocení karyotypu ...70 // Mikroskopování a fotografování ...70 // Sestavení karyotypu ...71 // Standardizace karyotypů ...72 // Další informace na internetových stránkách ...72 // Aplikace studia chromosomů ...72 // Populační studie ...74 // Vnitrodruhová struktura ...74 // Mezi druhové vztahy ...75 // Laboratorní vybavení ...76 // Přístroje ...76 // 3. ELEKTROFORÉZA PROTEINŮ (M. Macholán) ...87 // Dvod ...87 // Obecné principy metody ...88 // Pufry ...89 // Základní předpoklady ...89 // Přehled základních metod ...90 // Elektroforéza na škrobovém gelu (SGE = Starch Gel Electrophoresis) ...90 // Elektroforéza na polyakrylamidovém gelu (PAGE = Polyacrylamide Gel Electrophoresis) ...92 // Elektroforéza na acetylcelulózovém (celulózo-acetátovém) gelu (CAGE = Cellulose Acetate Gel Electrophoresis) ...92 // Elektroforéza na agarózovém gelu (AGE = Agarose Gel Electrophoresis) ...93 // Kontinuální elektroforéza ...93 // Diskontinuální (multifázická) elektroforéza ...93 // Izoelektrická fokusace (IEF) ...94 // Elektroforéza s SDS a močovinou ...94 // Dvousměmá (2-D) elektroforéza ...94 // Imunoelektroforéza ...94 // Rozlišovací schopnost ...95 // Postup elektroforézy ...95 // Odebrání a uchovávání tkání ...95 // Příprava vzorků ...95 // Nanášení vzorků ...96 // Elektroforéza ...97 // Barvení ...98 // Interpretace gelů ...103 // Aplikace a omezení metody ...106 // Vnitrodruhové studie ...107 // Mezidruhové aplikace ...109 // Aplikační omezení metody ...111 // Software ...112 // Laboratorní vybavení ...112 // SGE ...112 // PAGE ...112 // AGE ...112 //

CAGE ...112 // 4. ANALÝZA NUKLEOVÝCH KYSELIN (M. Macholán, P. Munclinger) ...117 // Úvod ...117 // Všeobecné vybavení molekulární laboratoře ...118 // 6 Izolace DNA ...118 // Postup izolace ...118 // Důležité internetové adresy ...119 // DNA-DNA hybridizace ...119 // Princip a postup metody ...120 // Aplikace a omezení metody ...124 // Laboratorní vybavení specifické pro DNA-DNA hybridizaci ...125 // Polymerázová řetězová reakce (PCR) ...126 // Princip metody ...126 // Primery pro PCR ...128 // Problémy a optimalizace PCR ...129 // RT-PCR a kvantitativní (Real-Time) PCR ...131 // Elektroforéza produktů PCR ...131 // Práce s neznámými genomy ...133 // Aplikace PCR ...134 // Důležité internetové adresy ...136 // Laboratorní vybavení specifické pro PCR ...137 // Reštrikční analýzy ...137 // Southernova transferová hybridizace (Southern blotting) ...137 // Reštrikční mapy ...141 // Polymoríismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) ...142 // DNA fingerprinting ...142 // AFLP (polymorfismus délek amplifikovaných fragmentů) ...143 // Aplikace a omezení restrikčních metod ...145 // Sekvencování DNA ...145 // Princip a postup sekvencování nukleových kyselin ...146 // Aplikace a omezení ...150 // Laboratorní vybavení specifické pro sekvencování DNA ...152 // Důležité internetové adresy ...153 // Sekvencování proteinů ...153 // Postup metody ...153 // Analýza mikrosatelitů ...154 // Princip, aplikace a omezení analýzy mikrosatelitů ...154 // Vzácné genomové události ...157 // SINE a LINE ...157 // Práce s internetem ...159 // Důležité internetové adresy ...159 // 5. METODY ANALÝZY I: Populačně genetická data (J. Piálek) ...165 // Úvod ...165 // Charakter genetických dat ...165 // Co je populační genetika? ...166 // Polymorfismus na úrovni bílkovin ...166 //

Genové (alelové) a genotypové frekvence ...166 // Úroveň polymorfismu ...Г167 // Heterozygotnost ...167 // Formulace modelů a základy testování ...169 // Test dobré shody (%2-test) ...170 // Polymorfismus na úrovni jaderné DNA ...171 // Polymorfismus na úrovni mitochondriální DNA ...173 // Test dobré shody (%2-test) ...173 // Test: 2x2 G-test nezávislosti (kontingenční tabulky) ...174 // Analýza polymorfismu mtDNA: problém malých vzorků ...174 // Monte Carlo randomizační test kontingenčních tabulek ...175 // Odhad vlivu populační struktury na genetický make-up populace ...176 // 7 Model: Wrightova F-statistika na jednom lokusu o dvou alelách ...176 // Polymorfismus na úrovni chromosomů ...180 // Logistická regrese ...180 // Software ...188 // 6. METODY ANALÝZY II: Rekonstrukce fylogeneze (M. Macholán) ...191 // Úvod ...191 // Definice základních pojmů ...191 // Typy dat ...192 // Rozdělení metod fylogenetické analýzy ...195 // Algoritmy versus kritéria optimálnosti ...195 // Jak porovnávat jednotlivé fylogenetické metody? ...196 // Metoda maximální úspornosti (Maximum parsimony, MP) ...196 // Podstata metody ...196 // Parsimonie pro jiné typy dat ...200 // Výhody a nevýhody parsimonie ...200 // Metoda maximální pravděpodobnosti (Maximum likelihood, ML) ...201 // Podstata metody ...202 // Modely evoluce sekvencí ...203 // Heterogenita substitučních frekvencí v různých částech sekvence ...207 // Maximální pravděpodobnost pro jiné typy dat ...208 // Přednosti a zápory metody ...208 // Bayesovská analýza ...209 // Podstata metody ...210 // Distanční metody ...210 // Aditivní a ultrametrické stromy ...210 // Transformace sekvenčních dat ...210 // Transformace alozymových a restrikčních dat ...212 // Fitchova-Margoliashova metoda a metoda minimální evoluce ...213 //

Algoritmické distanční metody - shluková analýza ...214 // Algoritmické distanční metody - připojení souseda (neighbor-joining) ...215 // Výhody a nevýhody distančních metod ...215 // Hledání optimálních stromů a stanovení jejich spolehlivosti ...216 // Hledání optimálních stromů ...216 // Spolehlivost fylogenetických stromů ...217 // Software ...220 // Použitá literatura ...233 // Rejstřík ...235

cnb001326365