1 FORMALIZOVANÁ METODOLOGIE CHEMIE 7 // 2 GRAFOVĚ TEORETICKÝ PŘISTUP K FORMALIZACI POPISU MOLEKUL A JEJICH REAKCÍ 11 // 2.1 Molekulový graf 12 // 2.1.1 Izomerní molekulové grafy 13 // 2.1.2 Automorfismy molekulového grafu 14 // 2.1.3 Izomorfismus molekulových grafů 16 // 2.1.4 Chemická vzdálenost 17 // 2.2 Kanonické indexování vrcholů molekulového grafu 20 // 2.3 Grafy reakci 23 // 2.3.1 Definice grafů reakci 23 // 2.3.2 Seznam důležitých grafů reakci 28 // 2.4 Generické reakce 31 // 2.4.1 Formální zavedeni intaktních grafů 36 // 2.5 Princip minimální chemické vzdálenosti 37 // 3 MATEMATICKÁ FORMALIZACE VALENČNÍCH STAVŮ ATOMŮ A JEJICH KONVERZÍ 41 // 3.1 Obsah pojmu valenční stav atomu a jeho formální popis 41 // 3.2 Změny valenčních stavů atomů // v průběhu chemických reakcí 42 // 3.3 Grafy konverzí valenčních stavů atomů 48 // 3.4 Možnosti využití grafů konverzí valenčních stavů atomů 50 // 3.4.1 Hledání dosud nepopsaných valenčních stavů atomů konkrétních prvků 30 // 3.4.2 Náměty nejkratšich syntetických postupů 53 // 3.4.3 Vyhledání úplné množiny prekurzorů při retrosyntéze 55 // 3.4.4 Pracovní hypotézy reakčních mechanismů // dosud neprozkoumaných reakcí 56 // 3.4.5 Vyvozování přehledu sloučenin daného prvku na základě valenčních stavů jeho atomů 57 // 3.4.5. 1 Odvozeni tříd sloučenin, do nichž / lze danou třídu převést chemickými reakcemi 62 // 3.4.5.2 Hledání společných reakcí sloučenin různých tříd 63 // 3.5 Význam valenčních stavů atomů pro formalizovanou metodologii chemie 65 // 4 ATOMOVÉ VEKTORY VE FORMALIZOVÁNÉM POPISU REAKČNÍCH CENTER MOLEKUL 67 // 4.1 Kvalitativní výběr potenciálních reakčních center v molekulách reaktantů 67 // 4.1.1 Výběr funkčních skupin 68 //
4.1.2 Rozklad struktur molekul na substruktury 70 // 4.1.3 Pravidla topologické priority 72 // 4.1.4 Uplatnění pravidel priorit atomových vektorů na počítači a jejich aplikace na konkrétní molekuly 74 // 4.2 Kvantitativní ohodnocení reakčních center v molekule 75 // 4.2.1 Soupis atomových vektorů a jejich parametrizace 75 // 4.2.2 Soubory struktur celistvých molekul jako reaktantů 8? // 4.3 Atomové vektory jako zobrazení reakčních center molekul 82 // 5 ÚLOHA REAKČNÍCH MECHANISMŮ V MATEMATICKÉM MODELU CHEMIE 85 // 5.1 Od grafů konverzí valenčních stavů atomů k reakčním mechanismům 85 // 5.2 Popis reakčních mechanismů pomocí grafů reakcí 89 // 5.3 Vztahy mezi mechanismy organických reakcí, vyplývající z grafové formalizace 92 // 5.4 Alfanumerický přepis reakčních mechanismů 102 // 5.5 Logické tříděni reakčních mechanismů 108 // 5.5.1 Vektor vzdálenosti grafů reakčních mechanismů 108 // 5.5.2 Shluky grafů reakčních mechanismů 109 // 5.5.3 Vnořené grafy reakčních mechanismů 112 // 5.6 Přenos poznatků na další reakční soustavy 113 // 5.7 Význam modelů reakčních mechanismů pro formalizovanou // metodologii chemie a pro počítačové řešení syntéz 115 // 6 MODELOVÁNÍ CHEMICKÝCH REAKCÍ 117 // 6.1 Modelování přimé syntézy // 6.1.1 Izomerie souborů molekul 118 // 6.1.2 Výběr reagentů do souboru molekul eduktů EM . 121 // 6.1.3 Model pro simulaci chemické reaktivity 127 // 6.1.4 Výběr v množině eduktů 131 // 6.1.5 Možnosti počítačového řešeni syntéz v přímém směru 132 // 6.2 Modelování retrosyntézy 135 // 6.2.1 Zásady retrosyntézy 135 // 6.2.2 Grafový základ retrosyntéz 137 // 6.2.3 Strom retrosyntézy 137 // 7 SOUHRN 139 // Literatura 142 // Seznam a vysvětlivky použitých zkratek a symbolů 147