1. CHARAKTERISTIKA OBORU MIKROBIOLOGIE 9 // 1.1 Úvod do studia 9 // 1.2 Historie oboru 9 // 1.3 Předmět studia 11 // 2. NEBUNĚČNÉ ORGANISMY 15 // 2.1 Viry 15 // 2.2 Viroidy 18 // 3. BUNĚČNÉ ORGANISMY 20 / 3.1 Řříše archebakterie Archaebacteria 20 // 3.2 Říše eubakterie Eubacteria, podříše bakterie Bakteria 22 // 3.2.1 Stavba bakteriální buňky 23 // 3.2.1.1 Jádro 23 // 3.2.1.2 Cytoplazma 23 // 3.2.1.3 Ribozómy 24 // 3.2.1.4 Cytoplazmatická membrána 24 // 3.2.1.5 Buněčná stěna 24 // 3.2.1.6 Pouzdro 25 // 3.2.1.7 Fimbrie 25 // 3.2.1.8 Bičíky 25 // 3.2.2 Fyzikální a chemická charakteristika bakterií 26 // 3.2.2.1 Fyzikální vlastnosti povrchů bakterií 26 // 3.2.2.2 Chemické složení bakterií 28 // 3.2.3 Systematické rozdělení bakterií 29 // 3.2.3.1 Oddělení gramnegativních bakterií Gracilicutes 30 // 3.2.3.2 Oddělení grampozitivních bakterií Firmicutes 39 // 3.2.3.3 Oddělení mykoplazmat Tenericutes 40 // 3.3 Říše houby Fungi 42 // 3.3.1 Stavba buňky hub 43 // 3.3.1.1 Buněčná stěna 43 // 3.3.1.2 Cytoplazmatická membrána 44 // 3.3.1.3 Cytoplazma 44 // 3.3.1.4 Jádro a jadérko 44 // 3.3.1.5 Endoplazmatické retikulum 44 // 3.3.1.6 Golgiho systém (komplex) 45 // 3.3.1.7 Mitochondrie 45 // 3.3.1.8 Vakuoly 45 // 3.3.1.9 Bičíky 46 // 3.3.2 Chemické složení mikromycet 46 // 3.3.3 Systém hub 48 // 3.3.3.1 Oddělení hlenky Myxomycota 50 // 3.3.3.2 Oddělení Chytridiomycota 51 // 3.3.3.3 Oddělení Oomycota 53 // 3.3.3.4 Oddělení vlastní houby Eumycota 54 // 3.3.3.4.1 Třída spájivé houby Zygomycetes 55 // 3.3.3.4.2 Třída vřeckaté, vřeckovýtrusé houby Ascomycetes 36 // 3.3.3.4.3 Třída stopkovýtrusé houby Basidiomycetes 60 // 3.3.3.4.4 Skupina nedokonalé houby Fungi imperfecti, Deuteromycetes 62 // 3 // 4. MIKROORGANISMY A JEJICH PROSTŘEDÍ 67 // 4.1 Abiotické faktory 67 //
4.1.1 Teplota 67 // 4.1.2 Záření 68 // 4.1.3 Ultrazvuk 70 // 4.1.4 Sucho 70 // 4.1.5 Hydrostatický tlak 70 // 4.1.6 Osmotické jevy a selektivní permeabilita 70 // 4.1.7 pH a oxidoredukční potenciál 71 // 4.2 Biotické faktory 71 // 4.3 Charakter životního prostředí mikroorganismů 75 // 4.3.1 Životní prostředí virů 75 // 4.3.1.1 Onemocnění člověka způsobené viry 75 // 4.3.2 Životní prostředí bakterií 75 // 4.3.2.1 Onemocnění člověka způsobené bakteriemi 76 // 4.3.3 Životní prostředí hub 78 // 5. RŮST, DĚLENÍ A REPRODUKCE ŽIVÝCH SOUSTAV 80 // 5.1 Růst a reprodukce virů 80 // 5.2 Růst a dělení prokaryotických buněk 82 // 5.2.1 Růst bakterií v kultuře 83 // 5.2.2 Rychlost růstu a rychlost dělení 85 // 5.2.3 Klidová stádia bakterií (spory, konidie) 88 // 5.3 Růst a dělem eukaryotických buněk 89 // 5.4 Rozmnožování hub 90 // 6. ENZYMATICKÁ VYBAVA MIKROORGANISMU 95 // 6.1 Enzymy a jejich charakteristika 95 // 6.2 Tvorba enzymů a účinek fyzikálně chemických faktorů na jejich aktivitu 97 // 6.2.1 Tvorba enzymů 97 // 6.2.2 Účinek teploty, pH a záření na činnost enzymů 100 // 6.3 Charakter, průběh a rychlost enzymatických reakcí 101 // 6.4 Energetika enzymatických reakcí 105 // 6.5 Enzymatické reakce 106 // 7. VÝŽIVA A METABOLISMUS MIKROORGANISMŮ 112 // 7.1 Požadavky mikroorganismů na výživu a energii 112 // 7.1.1 Vztah mikroorganismů ke zdroji uhlíku 112 // 7.1.2 Způsob využití zdroje energie mikroorganismy 113 // 7.1.3 Vztah mikroorganismů k molekulárnímu kyslíku 114 // 7.1.4 Požadavky na zdroje dusíku 114 // 7.1.5 Požadavky na stopové prvky 115 // 7.1.6 Růstové faktory a jejich využití mikroorganismy 115 // 7.2 Metabolismus foto-, chemolitotrofních a organotrofních mikroorganismů 116 // 7.2.1 Metabolismus fotolitotrofních bakterií 116 //
7.2.2 Metabolismus chemolitotrofních bakterií 118 // 7.2.3 Metabolismus organotrofních bakterií 120 // 7.3 Metabolismus polysacharidů, bílkovin a lipidů 121 // 7.3.1 Metabolismus polysacharidů 121 // 7.3.1.1 Anaerobní disimilace polysacharidů 121 // 7.3.1.2 Aerobní disimilace polysacharidů 123 // 7.3.1.3 Tvorba polysacharidů .127 // 7.3.2 Metabolismus aminokyselin a bílkovin 128 // 7.3.2.1 Metabolismus aminokyselin 128 // 7.3.2.2 Metabolismus bílkovin 131 // 7.3.3 Metabolismus nukleových kyselin 131 // 7.3.4 Metabolismus lipidů 132 // 7.3.5 Metabolismus mikroorganismů 132 // 8. GENETIKA A VARIABILITA MIKROORGANISMU 135 // 8.1 Charakter a vlastnosti DNA 136 // 8.1.1 DNA eukaryotických organismů 136 // 8.1.1.1 Syntéza DNA 137 // 8.1.2 DNA prokaryotických organismů 139 // 8.1.3 Mutace 140 // 8.2 Charakter a vlastnosti RNA 140 // 8.2.1 Biosyntéza RNA 141 // 8.2.1.1 Biosyntéza tRNA 142 // 8.2.1.2 Biosyntéza rRNA 143 // 8.2.1.3 Biosyntéza mRNA 143 // 8.3 Biosyntéza nukleových kyselin u virů a viroidů 144 // 8.3.1 Biosyntéza nukleových kyselin u virů 144 // 8.3.2 Biosyntéza nukleových kyselin u viroidů 146 // 8.4 Variabilita a sexuální procesy u mikroorganismů 147 // 8.4.1 Variabilita mikroorganismů 147 // 8.4.2 Sexuální procesy u mikroorganismů 148 // 8.5 Proteosyntéza 148 // 8.6 Molekulární mikrobiologie - ve zkratce 149 // 9. INDIKÁTORY EKOLOGICKÉHO ZNEČIŠTĚNÍ VOD 151 // 9.1 Koloběh kyslíku 151 // 9.2 Koloběh uhlíku 152 // 9.3 Koloběh dusíku 155 // 9.4 Koloběh síry 158 // 9.5 Koloběh železa a manganu 160 // 9.6 Koloběh fosforu 163 // 10. MIKROBIOLOGICKÉ VYŠETŘOVÁNÍ VOD 165 // 10.1 Mikroskopické vyšetřování vzorků 165 // 10.1.1 Mikroskopické preparáty a barvicí techniky 165 // 10.1.2 Barvicí techniky, barvené preparáty 166 // 10.1.3 Makrofotografie 172 //
10.2 Mikrobiologická laboratoř a její vybavení 173 // 10.2.1 Zařízení a přístrojové vybavení laboratoře 174 // 10.2.2 Kultivační média 176 // 10.2.3 Odběr a předúprava vzorků 177 // 10.2.4 Očkování vzorků a kultivační metody 178 // 10.2.5 Množství vzorku 183 // 10.2.6 Podstata identifikace mikroorganismů 184 // 10.3 Mikroorganismy jako indikátory pro zjištění nezávadnosti vody 186 // 10.4 Mikrobiologické metody a stanovení mikroorganismů 190 // 10.4.1 Indikátory obecného znečištění 190 // 10.4.1.1 Stanovení životaschopných mikroorganismů 190 // 10.4.1.2 Stanovení organotrofhích bakterií 191 // 5 // 10.4.2 Indikátory fekálního znečištění 191 // 10.4.2.1 Koliformní bakterie 192 // 10.4.2.2 Termotolerantní koliformní bakterie 193 // 10.4.2.3 Presumptivní Escherichia coli 194 // 10.4.2.4 Intestinální enterokoky 194 // 10.4.2.5 Klostridia 195 // 10.4.3 Hygienicky významné mikroorganismy 196 // 10.4.3.1 Pseudomonas aeruginosa 196 // 10.4.3.2 Stafylokoky 197 // 10.4.3.3 Streptokoky 198 // 10.4.3.4 Anaskogenní kvasinky rodu Candida 199 // 10.4.3.5 Legionely 200 // 10.4.3.6 Salmonely 200 // 10.5 Mikrobiologické vyhodnocení vzorků odpadních vod 201 // 10.5.1 Kultivační metody u vzorků odpadních vod 201 // 10.5.1.1 Stanovení sporulátů (aerobních a anaerobních) 201 // 10.5.2 Mikroskopické vyhodnocení aktivovaného kalu 203 // 10.5.3 Technologická doporučení pro boj s vláknitými mikroorganismy 205 // 10.6 Legislativa a mikrobiologické ukazatele jakosti vod 206 // 10.6.1 Mikrobiologické ukazatele dle platných norem 206 // 10.6.2 Mikrobiologické ukazatele v surové vodě 206 // 10.6.3 Mikrobiologické ukazatele v pitné a balené vodě 207 // 10.6.4 Mikrobiologické ukazatele v teplé vodě 208 // 10.6.5 Mikrobiologické ukazatele v bazénové vodě a na přírodních koupalištích 209 //
10.6.6 Minimální požadavek na mikrobiologický rozbor 210 // 10.7 Metody resuscitace poškozených mikroorganismů 210 // 11. SYSTÉM JAKOSTI NA ÚSEKU MIKROBIOLOGIE 212 // 11.1 Důvody a cíle uplatňování systému jakosti 212 // 11.1.1 Postup tvorby systému jakosti a jeho řízení 213 // 11.2 Proces zabezpečení, řízení a kontroly jakosti zkoušek 214 // 11.2.1 Zabezpečení jakosti odběru vzorků 215 // 11.2.2 Kontrola jakosti používaných materiálů, chemikálií a médií 216 // 11.2.3 Kontrola čistoty prostředí a laboratorního nádobí 216 // 11.2.4 Zabezpečení jakosti měřicího zařízení 217 // 11.2.5 Kalibrace zkušební metody 217 // 11.2.6 Slepé stanovení 218 // 11.2.7 Validace a verifikace zkušební metody 219 // 11.2.8 Statistická regulace zkušební metody 219 // 11.2.9 Odhad nejistoty 220 // 11.2.10 Prověřování a zlepšování jakosti 221 // 11.3 Systém jakosti - trend současnosti 222 // 12. TERMINOLOGICKÝ SLOVNÍK 224 // 13. POUŽITÁ A DOPORUČENÁ LITERATURA 241