.

0 (hodnocen0 x )

(20) Půjčeno:20x 

BK

Vyd. 1.

Praha : Academia, 2006

148 s. : il.

ISBN 80-200-1360-1 (brož.)

Obsahuje ilustrace, nákresy, rejstřík

Bibliografie na s. [139]-145

Bioinformatika - učebnice

Data biologická - zpracování - učebnice

000112696

Obsah // Předmluva...7 // 1 K čemu ? ? čem je temo text...9 // 1.1 Modelové problémy...11 // 2 Praktické předpoklady...13 // 3 Práce se sekvenčními daty...15 // 3.1 Zápis sekvencí a béžné formáty datových souborů...17 // 3.2 Mapování, restrikce, translace a klonování in silic(i)o...21 // 4 Veřejné dostupné zdroje dat...25 // 4.1 „Velká trojka,‘primámích databází nukleotidových sekvencí // -GenBank. EMBL, DDBJ...26 // 4.2 Identifikační čísla, verze a typy datových souborů...28 // 4.3 Jak se data dostanou do databází?...29 // 4.3.1 Anatomie databázového záznamu...30 // 4.4 Jednoduché vyhledávání v databázích Velké trojky...33 // 4.5 Specializované databáze včetné genomových...35 // 4.6 Databáze propojené se sbírkami biologických materiálů...37 // 5 Posuzování podobnosti sekvencí...38 // 5.1 Modelový postup stanovení podobnosti...38 // 5.2 Globální a lokální přiřazení...40 // 5.3 Empirické parametry - substituční matice a cena mezer...42 // 6 Prohledávání databází podle podobnosti se známou sekvencí...47 // 6.1 FASTA jakožto modelový heuristický algoritmus...48 // 6.2 BLAST...52 // 6.2.1. PSI-BLAST a pozičné specifické substituční matice (PSSM)...56 // 6.3 Volba metody a parametrů pro konkrétní situace...58 // 6.4 Prohledávání strukturních databází sekvenčním dotazem...61 // 7 Hledání známých motivů v proteinových sekvencích...63 // 7.1 Mnohočetné přiřazení a způsoby

zápisu sekvenčních motivů...63 // 7.2 Databáze známých motivů...66 // 7.3 SMART...68 // 7.4 Predikce buněčné lokalizace proteinů...69 // 7.5 Vyhledávání dalších motivů v proteinových sekvencích...70 // 8 Konstrukce a interpretace mnohočetného přiřazení...73 // 8.1 Zápis mnohočetného přiřazení...73 // 8.2 Ruční a automatizované postupy konstrukce mnohočetného přiřazení...77 // 6 OBSAH // 8.2.1 CLUSTAL jako modelový automatizovaný postup...77 // 8.2.2 Poloautomatické a ručnf metody...80 // 8.2.3 Konstrukce přiřazení pomocí programů na veřejných serverech...84 // 8.3 Přiřazování trojrozměrných struktur a základy modelování struktury proteinů...85 // 8.4 Interpretace mnohočetného přiřazení...88 // 8.5 Odvozování vlastních konzervativních motivů a jejich použití // v prohledávání databází...90 // 9 Analýza struktury a funkce genů...92 // 9.1 Identifikace kódujících oblastí a predikce sestřihu...92 // 9.1.1 Jak kvalitní je anotace v databázích?...98 // 9.2 Analýza genové exprese...101 // 10 Studium příbuzenských vztahů biologických sekvencí...105 // 10.1 Základní pojmy...106 // 10.2 Metody konstrukce dendrogramů...110 // 10.3 Hodnocení kvality dendrogramů...113 // 10.4 Praktická konstrukce dendrogramů...115 // 10.4.1 Příprava výchozích dat...115 // 10.4.2 Metoda NJ (neighbor-joining)...117 // 10.4.3 Další metody konstrukce dendrogramů...122 // 11 Tři příklady na závčr...126

// Slovníček a seznam zkratek...134 // Literatura...7...139 // Rejstřík...146